Molekularbiologie (NAT-Diagnostik)
Leiter: | Prof. Dr. med. Peter-Michael Rath | |
Tel.: | 0201 723 3538 | |
E-Mail: | ||
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Leiterin: | Dr. med. Hedda-Luise Verhasselt | |
Tel.: | 0201 723 85429 | |
E-Mail: | ||
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Labor Tel: | 0201 723 3504 |
Labor für Molekularbiologie
Die molekulare Diagnostik ermöglicht eine rasche und spezifische Diagnosestellung und liefert die Grundlage für eine gezielte antiinfektive Therapie. In dem Labor für Molekularbiologie des Institutes für Medizinische Mikrobiologie werden verschiedene humanpathogene Bakterien, Pilze und Parasiten mittels erreger-spezifischen Nukleinsäure-Nachweisen ohne Kultivierung rasch direkt aus Patienten-material identifiziert. Bei einigen Indikationen werden Multiplex-Systeme zum gleichzeitigem Nachweis verschiedener Erreger aus der gleichen Probe eingesetzt, z.B. aus Blut bei Verdacht auf Sepsis, aus respiratorischen Materialien bei Verdacht auf Pneumonie, aus Liquor cerebrospinalis bei Verdacht auf Meningitis und aus Proben aus dem Urogenitalbereich bei Verdacht auf sexuell übertragene Infektionen.
In ausgewählten Fällen werden zusätzliche wichtige Informationen zur Antibiotika-resistenz gewonnen. Mittels einer Sequenziereinheit können Bakterien und Pilze bis zur Speziesebene identifiziert werden. Insbesondere bei Pilzen ist die korrekte Identifizierung für die Substanzauswahl bei der Therapie essentiell. Darüber hinaus werden Feintypisierungen von Krankheitserregern für epidemiologisch-krankenhaus-hygienische Fragestellungen durchgeführt. Dafür stehen die wichtigsten molekular-biologischen Techniken (PFGE, RLPF, SSCP, RAPD, Mikrosatelliten-Analyse) zur Verfügung. Einer der wissenschaftlich-diagnostischen Schwerpunkte ist der molekular-biologische Nachweis von Pilzen (Candida, Aspergillus, Pneumocystis, Mucormyzeten) inklusive dem Nachweis von Resistenz-assoziierten Genabschnitten.
Eine Übersicht über unser Leistungsspektrum gibt die Tabelle.
Erreger | Methode | Anbieter | Untersuchungsmaterial | Empfohlene Probenmenge | Zielsequenz/-gen |
Aspergillus fumigatus/ terreus/ spp. | Real time PCR | PathoNostics | flüssige respiratorische Materialien, Gewebe | 2ml, 1x1cm | ribosomales 18S Gen |
B. pertussis, parapertussis und bronchiseptica * | kA | Fremdleistung Labor Eberhard Dortmund | flüssige respiratorische Materialien, Kultur, Rachenabstriche | kA | kA |
C. difficile Toxin AB | Real time PCR | Cepheid/ Quidel | Stuhl | kA | genomische DNA |
C. trachomatis/ N. gonorrrhoeae | Real time PCR | Cepheid | Augen-, Urogenital-, Rachen-, Analabstriche, Ejakulat, Urin | kA | genomische DNA und kryptisches Plasmid |
C. trachomatis Serovartypisierung L1-L3 (Lymphogranuloma venerum) | Real time PCR | In house Methode | Urogenital-, Analabstriche, Urin | kA | kA |
C.pneumoniae, M.pneumoniae, L.pneumophila/ longbeachae. (CAP-Erreger) | Real time PCR | Mikrogen | flüssige respiratorische Materialien, Liquor | 2ml | C.pn.: 82bp (Pst I-Fragment); M.pn.: 76 bp (P1-Gen); L.pn.: 73bp (MIP) |
Carbapenemase-PCR | Real time PCR | Cepheid | Kultur | kA | kA |
EHEC | LAMP | Amplex | Kultur | kA | genomische DNA |
H. influenzae, S. pneumoniae, N. meningitidis, E. coli, L. monocytogenes (Meningitis-Erreger) | LAMP | Amplex | Liquor | < 500µl | genomische DNA |
Identifizierung von Pilzen/ Bakterien | Sequenzierung | in house Methode | Kultur | kA | Pilze: ITS1- und ITS2-Region; Bakterien: 16s |
M. tuberculosis- Komplex | Real time PCR | Cepheid/ Sacace | Liquor, flüssige respiratorische Materialien, Punktate, Gewebe | 1ml | 159bp Sequenz gnomischer DNA/ IS6110 |
Makrolidresistenz/ Chinolonresistenz M. genitalium | kA | Fremdleistung Institut für Med. Mikrobiologie, Carl Gustav Carus Universität, Dresden | DNA-Eluate aus Urogenitalabstriche, Urin, Ejakulat, Analabstriche, Rachenabstriche | kA | kA |
Malaria-PCR (M. falciparum, M. vivax, M. ovale, M. malariae, M. knowlesi) | Real time PCR | Altona Diagnostics | EDTA-Vollblut, | 500µl | 18s und 28s rRNA |
MRSA | Real time PCR/ LAMP | Cepheid/ Amplex | Nasen- und Rachenabstriche (Cepheid)/ Kultur (Amplex) | kA | SCCmec |
N. gonorrhoeae | Real time PCR | Cepheid/ Mikrogen | Augen-, Urogenital-, Rachen-, Analabstriche, Urin | kA | genomische DNA ? |
Nachweis Azol-Resistenz (A. fumigatus) | Realtime PCR + Schmelzkurvenanalyse | PathoNostics | flüssige respiratorische Materialien, Kultur | kA | cypA51-Gen |
Panfungale PCR | Endpunkt PCR/ Sequenzierung | in house Methode | auf Anfrage | auf Anfrage | ITS-Regionen, 28s rRNA-Gen |
Pneumocystis jirovecii | Real time PCR/ LAMP | Altona Diagnostics/ Amplex | flüssige respiratorische Materialien | < 500µl | genomische DNA |
Pneumonie-Erreger | Multiplex Endpunkt PCR ("Unyvero®") | Curetis | flüssige respiratorische Materialien | 200µl | 16s / IST-Regionen von Bakterien u. Pilzen |
PVL (Panton-Valentine Leukocidin) (S.aureus/ MRSA) | LAMP | Amplex | Kultur | Kultur | lukS/ lukF |
Schimmelpilze der Ordnung Mucorales | Realtime PCR | PathoNostics | flüssige respiratorische Materialien, Liquor | 1ml | 28S rRNA-Gen |
Sepsis-Erreger | Microarray | Cube Dx | EDTA- Vollblut | 2x 2ml | 16S, 28S |
Toxoplasma gondii | Real time PCR | Sacace | Liquor, flüssige respiratorische Materialien, EDTA-Vollblut, Glaskörperpunktate | 500µl bzw. 200µl (EDTA) | 529bp tandem repeat |
Tropheryma whipplei | kA | Fremdleistung Moter Diagnostics Berlin | Gewebe | kA | kA |
Genotypisierung A. fumigatus, A.flavus, C. krusei, C. bertholletiae, M. pachydermatis, E. dermatitidis ( F ) | Mikrosatelliten-PCR | in house Methode | Kultur | Kultur | repetetive DNA-Sequenzen |
Ureaplasma parvum, urealyticum, M. hominis, M. genitalium, T. vaginalis, C. trachomatis, N. gonorrhoeae (STD-Multiplex-PCR) | Real time PCR | Mikrogen | Urogenitalabstriche, Urin, Ejakulat, Analabstriche, Rachenabstriche | kA | genomische DNA |
F = Forschung, auf Anfrage Stand: 24.09.2021