Datenschutz

Microarray-Analysen



Im Jahr 2000 wurde am IFZ ein System der Firma Affymetrix zur Messung von DNA-Mikroarrays etabliert. Diese Anlage erlaubt es, mit Hilfe industriell gefertigter Arrays oder BioChips die Aktivität von Tausenden von Genen in einem Arbeitsgang zu messen. Die Einrichtung dieses Labors wurde durch eine großzügige Anschubfinanzierung des Landes NRW, durch die Medizinische Fakultät und durch die IFZ-Fördervereinigung unterstützt.

Das konventionelle Affymetrix GeneChip System besteht aus Hybridisierungsofen (nicht abgebildet), Scanner (links), PC Workstation und Wasch/Färbe-Station. Es können alle von Affymetrix angebotenen GeneChips prozessiert werden.

 

 


Folgende Anwendungen werden angeboten:

  1. Genomweite Expressionsanalysen (mRNA) für diverse Organismen 
  2. Genomweite Genotypisierung von SNPs für LOH und CNV-Analysen
  3. miRNA Expressionsanalyse
    Die Genomics & Transcriptomics Facility (GTF) führt von der Qualtätskontrolle der RNA/DNA bis zur Auswertung der Daten alle Schritte für seine Kooperationspartner durch. Abhängig vom experimentellen Design werden maßgeschneiderte Lösungen angeboten.

Next Generation Sequenzierung


An der Genomics & Transcriptomics Facility (GTF) steht ein Illumina MiSeq für die massiv parallele Sequenzierung in einer sogenannte Flowcell zur Verfügung. Neben dem eigentlichen Gerät für die Sequenzierung steht eine Plattform (Caliper ScicloneG3) für die automatisierte Herstellung und Reinigung von Sequenz-Bibliotheken (Libraries) zur Verfügung. Außerdem kooperiert die GTF mit anderen Laboren in Essen, aber auch an anderen Standorten (Düsseldorf, Heidelberg), um auch größere Projekte auf anderen Illumina-Geräten sequenzieren zu können.


Folgende Anwendungen werden von der GTF angeboten:

  1. RNA-Sequenzierung mit Lexogen QuantSeq, Illumina TruSeq, BIOScientific sowie NuGEN Ovation Library Kits (non-stranded, stranded)
  2. Whole Genome Sequenzierung mit NEB Next Ultra, Illumina TruSeq oder Nextera Kits
  3. Exom- und Custom-Anreicherung mit Hilfe von Nimblegen SeqCap EZ Exome/Choice Kits
  4. Re-Sequenzierung mit Hilfe des NuGEN Target Enrichment Systems
  5. Whole Genome Bisulfit-Sequenzierung
  6. Spezial-Anwendungen und -Auswertungen (Single Cell Sequencing etc.), inklusive Etablierungs- und Testläufen

    Die Genomics & Transcriptomics Facility (GTF) führt von der Qualitätskontrolle der RNA/DNA über die Herstellung der Libraries bis zur Sequenzierung alle Schritte für sie durch; wir sequenzieren aber auch vom Kooperationspartner produzierte Illumina-kompatible Libraries (z. B. für die ChIP-Sequenzierung).
    Für die Auswertung der Daten steht ein Server mit entsprechender Rechen- und Speicherkapazität zur Verfügung. Umfangreichere Analysen können jedoch eine Kooperation mit der hiesigen Genominformatik und/oder einem entsprechenden externen Partner erforderlich machen. Die Details können vorab in einem Gespräch mit dem Leiter der GTF besprochen werden.


Nach oben