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BioChip-Labor


Im BioChip Labor werden Affymetrix Mikroarray-Analysen und "Next Generation Sequencing" für die Institute und Kliniken der hiesigen Medizinischen Fakultät, der Universität Duisburg-Essen und andere Einrichtungen außerhalb Essens im Rahmen verschiedener Kooperationsvorhaben durchgeführt, um eine breite Anwendung in der Grundlagenforschung und in klinischen Studien zu ermöglichen. Mit Hilfe der DNA-Mikroarrays ist es möglich, die Expression einer sehr hohen Anzahl von Genen simultan zu messen und so im Idealfall die transkriptionelle Aktivität einer Zelle in verschiedenen physiologischen Zuständen zu analysieren und zu vergleichen. Sogenannte SNP-Arrays erlauben über die Bestimmung von ca. einer Million Genotypen die Identifizierung von Chromosomen-Verlusten, - Zugewinnen und "Loss of Heterozygosity" in Tumoren und Syndrom-Patienten. Mit Hilfe der Next Generation Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 2500 können durch massive Parallelisierung bis zu 600 Gigabasen in einem Lauf sequenziert werden. Typische Anwendungen sind die Exom- und die Whole Genome-Sequenzierung zur Identifizierung von Mutationen in Tumoren sowie die RNA-Sequenzierung als Alternative zur Mikroarray-Analyse und die Bisulfit-Sequenzierung zur genomweiten Analyse des DNS-Methylierung.