Molekularbiologie (NAT-Diagnostik)


Leiter:

Prof. Dr. med. Peter-Michael Rath

Tel.:

0201 723 3538

E-Mail:

peter-michael.rath@uk-essen.de

 

Leiterin:

Dr. med. Hedda-Luise Verhasselt

Tel.:

0201 723 85429

E-Mail:

hedda-luise.koehling@uk-essen.de

 

Labor Tel:

0201 723 3513

Labor für Molekularbiologie

Die molekulare Diagnostik ermöglicht eine rasche und spezifische Diagnosestellung und liefert die Grundlage für eine gezielte antiinfektive Therapie. In dem Labor für Molekularbiologie des Institutes für Medizinische Mikrobiologie werden verschiedene humanpathogene Bakterien, Pilze und Parasiten mittels erreger-spezifischen Nukleinsäure-Nachweisen ohne Kultivierung rasch direkt aus Patienten-material identifiziert. Bei einigen Indikationen werden Multiplex-Systeme zum gleichzeitigem Nachweis verschiedener Erreger aus der gleichen Probe eingesetzt, z.B. aus Blut bei Verdacht auf Sepsis, aus respiratorischen Materialien bei Verdacht auf Pneumonie, aus Liquor cerebrospinalis bei Verdacht auf Meningitis und aus Proben aus dem Urogenitalbereich bei Verdacht auf sexuell übertragene Infektionen. 

In ausgewählten Fällen werden zusätzliche wichtige Informationen zur Antibiotika-resistenz gewonnen. Mittels einer Sequenziereinheit können Bakterien und Pilze bis zur Speziesebene identifiziert werden. Insbesondere bei Pilzen ist die korrekte Identifizierung für die Substanzauswahl bei der Therapie essentiell. Darüber hinaus werden Feintypisierungen von Krankheitserregern für epidemiologisch-krankenhaus-hygienische Fragestellungen durchgeführt. Dafür stehen die wichtigsten molekular-biologischen Techniken (PFGE, RLPF, SSCP, RAPD, Mikrosatelliten-Analyse) zur Verfügung. Einer der wissenschaftlich-diagnostischen Schwerpunkte ist der molekular-biologische Nachweis von Pilzen (Candida, Aspergillus, Pneumocystis, Mucormyzeten) inklusive dem Nachweis von Resistenz-assoziierten Genabschnitten.

Eine Übersicht über unser Leistungsspektrum gibt die Tabelle.

 

Erreger

Methode

Anbieter

Untersuchungs-

material

Empfohlene Probenmenge

Zielsequenz/-gen

Aspergillus fumigatus/ terreus/ spp.

Real time PCR

PathoNostics

resp. Sekrete, Gewebe

2ml, 1x1cm

ribosomales 18S Gen

B. pertussis-parapertussis-bronchiseptica

Real time PCR

Sacace

resp. Material

> 500µl

genomische DNA

Mikrobielle STD-Erreger

(C. trachomatis, N. gonorrhoeae, M. hominis, M. genitalium,  U. parvum, U. urealyticum, T. vaginalis)

Real time PCR

Sacace

Urogenitalabstriche

kA

genomische DNA

C. difficile Toxin AB

Real time PCR

Cepheid/ Quidel

Stuhl

kA

genomische DNA

C. trachomatis

Real time PCR

Cepheid

Augen-, Urogenital-, Rachen-, Analabstriche

kA

genomische DNA und kryptisches Plasmid

C. trachomatis Serovartypisierung L1 - L3

(Lymphogranuloma venerum)

Real time PCR

In house

Urogenital-, Analabstriche

kA

kA

C.pneum./ M.pneum./ L.pneum.

Real time PCR

in house PCR

resp. Sekrete, Liquor

2ml

C.pn.: 82bp (Pst I-Fragment); M.pn.: 76 bp (P1-Gen);

L.pn.: 73bp (MIP)

Carbapenemase-PCR

Real time PCR

Cepheid

Kultur

kA

kA

Escherichiosis-PCR

Real time PCR

Sacace

Kultur

kA

genomische DNA

Bakterielle Meningitis-Erreger

(H. influenzae, S. pneumoniae, N. meningitidis, E. coli, Streptokokken Gruppe B, L. monocytogenes)

Real time PCR

Sacace

Liquor

< 500µl

genomische DNA

Identifizierung von Pilzen/ Bakterien

Sequenzierung

in house

Kultur

Kultur

Pilze: ITS1- und ITS2-Region; Bakterien: 16s

Leishmania spp.

Real time PCR

Sacace

Gewebe, Liquor

300µl

genomische DNA

M. tuberculosis-Komplex

Real time PCR

Cepheid/ Sacace

Liquor, resp. Sekrete, Punktate, Gewebe

1ml

159bp  Sequenz genomischer DNA/ IS6110

mecC-Nachweis S. aureus

Endpunkt PCR

in house

Kultur

kA

kA

MRSA

Real time PCR

Cepheid

Nasen- und Rachenabstriche

Abstrich, Kultur

SCCmec

Mucorales

Realtime PCR

in house PCR

resp. Sekrete

300µl

genomische DNA

N. gonorrhoeae

Real time PCR

Cepheid

Augen-, Urogenital-, Rachen-, Analabstriche

kA

genomische DNA ?

Nachweis Azol-Resistenz (A. fumigatus)

Real time PCR

PathoNostics

resp. Sekrete, Gewebe, Kultur

300µl

cyp51A-Gen

Plasmodium-Nachweis und -Differenzierung

Real time PCR

BIRD, Immunospark

Blut

300µl

genomische DNA

Pneumocystis jirovecii

Real time PCR

Altona Diagnostics

GmbH

resp. Sekrete

< 500µl

genomische DNA

Pneumonie-Erreger

Multiplex Endpunkt PCR ("Unyvero®")

Curetis

resp. Sekrete

200µl

16s / ITS-Regionen

von Bakterien u. Pilzen

 PVL (Panton-Valentine Leukocidin) (S.aureus/ MRSA)

Endpunkt PCR

in house PCR

 Kultur

Kultur

lukS/ lukF

Sepsis-Erreger

Multiplex PCR ("SeptiFast®")

Roche

EDTA- Vollblut, Liquor, BAL, Aszites, Drainageflüssigkeit

2x 2ml

ITS-Regionen von Pilzen und Bakterien

Toxoplasma gondii

Real time PCR

Sacace

Liquor, resp. Sekrete, EDTA-Vollblut

500µl bzw. 200µl

529bp tandem repeat

Tropheryma whipplei

kA

Fremdleistung  Prof. Göbel Charite Berlin

Liquor, Gewebe

kA

kA

Typisierung A. fumigatus/ A.flavus  F

Mikrosatelliten-PCR

in house PCR

Kultur

Kultur

repetetive DNA-Sequenzen

vanA- / B-Nachweis

Real time PCR

Cepheid

Kultur

kA

genomische DNA

F = Forschung/auf  Anfrage                                                                                                                    Stand 06.02.2019